Pengadilan Negeri Labuan Bajo mengunakan Standar Opersional Prosedur Kepaniteraan yang mengacu pada Standar Operasional Prosedur Direktorat Jendral Badan Peradilan Umum yang dituangkan pada Surat Keputusan Direktorat Jendral Badan Peradilan Umum Nomor 934/DJU/SK.OT1.6/III/2025 adalah tentang pembaruan Standar Operasional Prosedur (SOP) penanganan perkara dan layanan pengadilan pada Pengadilan Tinggi dan Pengadilan Negeri. sesuai dengan Surat Keputusan Ketua Pengadilan Negeri Labuan Bajo No. 135/KPN.W26-U15/SK.OT1.2/XI/2025 sedangkan untuk SK Kesekretariatan di atur dalam Surat Keputusan Ketua Pengadilan Negeri Labuan Bajo Nomor 136/KPN.W26-U15/SK.OT1.2/XI/2025 tentang Pemberlakuan SOP Kesekretariatan pada Pengadilan Ngeri Labuan Bajo.
SOP KEPANITERAAN
| No | Keterangan | Download |
| 1 | SOP Kepaniteraan Perdata | KLIK DISINI |
| 2 | SOP Kepaniteraan Pidana | KLIK DISINI |
| 3 | SOP Kepaniteraan Hukum | KLIK DISINI |
| 4 | SOP Eksekusi | KLIK DISINI |
SOP KESEKRETARIATAN
| No | Keterangan | Download |
| 1 | SOP Kepegawaian dan Ortala | KLIK DISINI |
| 2 | SOP Umum dan Keuangan | KLIK DISINI |
| 3 | SOP Perencanaan, TI dan Pelaporan | KLIK DISINI |